Col·laborar en projectes científics des de casa… i des dels centres educatius

La Ciència Ciutadana és un nou tipus de ciència basada en la participació, conscient i voluntària, de milers de ciutadans que generen grans quantitats de dades. Qualsevol persona pot aportar la seua intel·ligència o els seus recursos tecnològics per trobar resultats d’utilitat social. No cal tenir coneixements previs ni grans dispositius, es pot fer en qualsevol lloc en qualsevol moment.

Traducció del primer paràgraf de “¿Qué es la Ciencia Ciudadana?” de la pàgina web del projecte ibercivis

A l’anterior article mostràvem un joc per a aprendre a plegar proteïnes mitjançant la resolució de trencaclosques. En aquest, anem a comprovar com es pot participar en una recerca científica cedint la capacitat de l’ordinador mentre el tenim inactiu.

Hem de descarregar i instal·lar l’aplicació BOINC de la Universitat de California. Seguidament hem de triar i afegir un projecte del següent llistat. Si volem triar projectes que es desenvolupen prop de casa tenim aquests dos:

1. ibercivis, que conta amb la col·laboració, entre altres, de l’ajuntament de València i de la Universitat Politècnica de València. Des de la pàgina web d’ibercivis expliquen com podem unir-nos a aquest projecte de computació voluntària en només 5 passos.

Ibercivis engloba un nombre creixent de projectes de recerca amb participació de centres públics espanyols, com per exemple “DOCKING: a la recerca de fàrmacs contra el càncer”.

El Docking és un mètode modern de recerca sistemàtica de noves substàncies amb efectes terapèutics basat en la simulació per ordinador. La Unitat de Bioinformàtica del Centre de Biologia Molecular Severo Ochoa (CSIC-UAM) porta diversos anys desenvolupant una plataforma informàtica que permeta simular automàticament interaccions de proteïnes i petites molècules. La seua finalitat és buscar fàrmacs per al tractament de malalties de gran incidència en la població, com el càncer.

2. GPUGRID.net. És una infraestructura de computació distribuïda dedicada a la investigació biomèdica. Gràcies a la contribució dels voluntaris, els científics GPUGRID poden realitzar simulacions moleculars per entendre la funció de les proteïnes en la salut i la malaltia.

En el cas del meu ordinador, quan afegisc el projecte GPUGRID.net a l’aplicació BOINC apareix aquest missatge: “An NVIDIA GPU is required to run tasks for this project“. Que hi farem, no pense canviar la targeta gràfica de la màquina per a participar en el càlcul de simulacions moleculars, així que em conforme amb la participació en la plataforma de computació ciutadana ibercivis.

Un exemple. Experiments d’investigació del càncer: Simulacions moleculars del procés d’unió SH2 i fosfopètid

El SH2 és un domini de proteïna implicat en les interaccions proteïna-proteïna. A la web del projecte GPUGRID.net podem trobar un vídeo que mostra una simulació de la unió del fosfopèptid pYEEI al domini SH2. La superfície de les proteïnes i els àtoms del lligand tenen un codi de colors per ressaltar la flexibilitat local. A mesura que el pèptid s’uneix en la seua conformació nativa perd flexibilitat (color blau), el mateix li passa a la proteïna. Un segon de pel·lícula correspon a 2 nanosegons de temps real.

(Al vídeo li falta un poc de música, però està bé)

Participació de centres educatius

Si tenim en compte el temps d’inactivitat d’alguns ordinadors dels centres educatius, no hauria d’haver cap problema en cedir eixe temps a la recerca científica. De fet, en ibercivis participen equips de centres educatius. L’únic que s’hauria de fer es presentar el projecte de participació al Consell Escolar del Centre, que aquest aprovara l’adhesió al projecte i a continuació la feina de mecànic: instal·lar l’aplicació BOINC, afegir el projecte de computació voluntària, registrar el centre educatiu en el projecte i configurar les preferències. Tot el treball de mecànica s’ha de repetir amb els diverses màquines que volem que col·laboren amb la recerca científica.

Captura de pantalla de BOINC fent càlculs per a ibercivis en LliureX Nemo

Captura de pantalla de BOINC fent càlculs per a ibercivis en LliureX Nemo

Instal·lació de BOINC en LliureX Nemo

Per a instal·lar BOINC en LliureX 12.06 hem d’activar els dipòsits d’Ubuntu i instal·lar els paquets “boinc-client” i “boinc-manager”. Després de la instal·lació hem de desactivar els dipòsits d’Ubuntu per a evitar actualitzacions conflictives. (Font: Installing BOINC on Ubuntu)

Trobarem l’aplicació “BOINC Manager” en Aplicacions > Ferramentes de sistema.

Captura del menú Aplicacions de LliureX Nemo

Captura del menú Aplicacions de LliureX Nemo

Si hem instal·lat BOINC en un equip de la sala de professorat i volem que s’inicie cada vegada que engeguem l’ordinador:

Afegim el llançador “BOINC Manager” a l’escriptori.

– Anem a Sistema > Preferències > Sessions

-En la finestra “Afig el programa d’inici” posem com a Nom “Boinc Manager”, fem clic al botó <<Navega>> per a afegir l’aplicació “boinc-manager.desktop” que es troba a la carpeta Desktop de l’usuari.

Actualitzat: En el camp Orde posem “/usr/bin/boincmgr”

També podem posar un Comentari.

    Captura de la finestra "Afig el programa d'inici" en LliureX Nemo

Captura de la finestra “Afig el programa d’inici” en LliureX Nemo

Material Didàctic

Per finalitzar, a la web d’ibercivis podem trobar material didàctic sobre els diversos projectes de recerca en que tenen treballant als ordinadors personals.

Deixa un comentari

L'adreça electrònica no es publicarà. Els camps necessaris estan marcats amb *